Ancak, SMS onayının bazı dezavantajları da vardır. Örneğin, cep telefonu sinyali zayıf olduğunda veya kullanıcı telefonunu kaybettiğinde, doğrulama kodunu almak zor olabilir. Ayrıca, bazı durumlarda SMS'ler gecikebilir veya yanlış adreslere yönlendirilebilir. Bu nedenle, tek başına SMS onayının kullanılması, tam anlamıyla güvenli bir çözüm değildir. Ancak, diğer güvenlik önlemleriyle birlikte kullanıldığında, etkili bir şekilde hesap güvenliğini artırabilir.
